一、土壤微生物可以形成土壤结构
土壤并不是单纯的土壤颗粒和化肥的简单结合，作为土壤的活跃组成分，土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。
二、土壤微生物最显著的成效就是分解有机质
三、土壤微生物还有固氮作用
氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用将空气中的氮气转化为植物能够利用的固定态氮化物，有了这样的土壤微生物，就相当于土壤有了自己的氮肥生产车间了。
在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系。
四、各种微生物之间有互惠互利的，也有相互敌对的
土壤中存在一些抗生性微生物，他们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中的病原微生物对作物的危害。所以，土壤中的微生物其实也有不利的一面，比如病原微生物。
五、土壤微生物还可以讲解土壤中残留的有害物质
微生物还可以降解土壤中残留的有机农药、城市污物和工厂废弃物。微生物把他们分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。当然，这些所有的功能都是由不同种群的微生物完成的，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作才行。
六、土壤微生物的未来前景无法估量
土壤中的微生物这么能干，你可能会想，要是能让他们听人类的话，想要他们干什么，他们就发挥什么功能就好了。嗯，没错，科学家们也是这么想的。现在，在医药卫生事业、工农业生产上，已经有大量应用微生物的例子。就拿土壤中的微生物来说吧，通过开发和筛选有效菌种，培育高效菌种，我们可以修复污染的土壤、生产菌肥、生物农药等等。
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